1993 – rozpoczęto działalność handlową na terenie Międzynarodowego Portu Lotniczego Warszawa Okęcie w strefie wolnego obszaru celnego.

Lata 90 to jeden z trudniejszych okresów w historii Baltony. Zmiana ustroju gospodarczego w Polsce miała duży wpływ na funkcjonowanie spółki. Prawa wolnego rynku spowodowały powstanie małych, prywatnych przedsiębiorstw jak również wchodzeniem na rynek polski zagranicznych sklepów z którymi Baltona zaczęła konkurować.

Jednak wraz z rozwojem portów lotniczych, budowaniem nowych terminali, zaczęła się rozwijać również z nimi Baltona. Zdobyte doświadczenie Baltony w segmencie Duty Free, prowadzeniu sieci ogólnodostępnych sklepów oraz długoletnia współpraca z markami pozwoliły firmie na szybki rozwój w strefach wolnocłowych w portach lotniczych. Powstały sklepy na lotnisku w Gdańsku, Katowicach, Krakowie i Poznaniu.

Pozyskanie powierzchni handlowych na lotniskach:

1994 – Gdańsk
1996 – Katowice
1998 – Kraków
1999 – Poznań